O CESAM é um dos novos parceiros da iniciativa Escola Azul, um programa educativo do Ministério do Mar desenvolvido na Direção-Geral de Política do Mar. Este programa distingue e orienta as escolas que trabalham em temas ligados ao mar e oferece uma vasta quantidade de atividades dirigidas a diversos públicos escolares desde o pré-escolar aos professores. Nesta fase inicial de parceria, o CESAM propõe atividades no âmbito da infraestrutura COBI (Coleção Biológica de Invertebrados Marinhos) e de projetos e trabalhos de investigação a decorrer na Unidade de Investigação (por exemplo, os projetos PERICLES e AIRSHIP), mas mais atividades estão a ser planeadas. Para além disso, o CESAM oferece mentoria em diversas áreas incluindo oceanografia física, ecossistemas e biodiversidade marinha, mar profundo, biotecnologia marinha, riscos costeiros, poluição marinha, e aquacultura e pescas.
A missão da Escola Azul é promover a Literacia do Oceano na comunidade escolar e criar gerações mais responsáveis e participativas, que contribuam para a sustentabilidade do Oceano. Mais informações sobre este programa incluindo a lista de parceiros, escolas e atividades podem ser obtidas no site: www.escolaazul.pt.