AQUACROSS tem como objectivo apoiar os esforços da UE para reforçar a resiliência e parar a perda de biodiversidade dos ecossistemas aquáticos, bem como para garantir o fornecimento contínuo e futuro dos serviços dos ecossistemas aquáticos. O projeto concentra-se em fazer avançar a base de conhecimentos e aplicação do conceito de gestão baseada nos ecossistemas para os ecossistemas aquáticos através do desenvolvimento de medidas economicamente rentáveis e práticas de gestão integrados. AQUACROSS considera o quadro político da UE (ou seja, objetivos, conceitos, prazos) para os ecossistemas aquáticos e baseia-se nos conhecimentos decorrentes de diferentes fontes (i.e. WISE, BISE, relatórios Estado-Membro, modelação) para desenvolver ferramentas inovadoras de gestão, conceitos e modelos de negócios (isto é, indicadores, mapas, avaliações ecossistema, abordagens participativas, mecanismos para promover a prestação de serviços de ecossistema) para os ecossistemas aquáticos em várias escalas. Constitui assim um esforço sem precedentes para unificar conceitos de política, conhecimentos e conceitos de água doce, costeiros e marinhos para apoiar a realização rentável de dos objectivos estabelecidos pela Estratégia de Biodiversidade 2020 da UE.