O ecossistema do oceano profundo, um dos mais complexos e extensos do planeta, é muito incompletamente monitorizado.A única forma de serem encarados os desafios relacionados com a ação direta ou indireta do homem, obriga à instalação de observatórios submarinos capazes de medir fatores bióticos e abióticos, de forma prolongada. Diversas iniciativas têm sido lançadas em todo o mundo para a instalação de observatórios do fundo do mar e da coluna de água (DONET-Japão; Neptune-EUA, Neptune-Canadá). EMSO é a iniciativa europeia que contribui para este Sistema global. Tem já o estatuto de ERIC (European Research Infrastructure Consortium) aprovado pela União Europeia em 2016 sendo Portugal um dos membros fundadores. EMSO é uma Infraestrutura de Investigação Europeia de Grande Escala, constituída por observatórios submarinos multidisciplinares, fixos, com o objetivo de fornecer informação científica em tempo quase real, a longo prazo, dos processos ambientais marinhos relacionados com a interação entre a geosfera, a biosfera e a hidrosfera. É uma infraestrutura distribuída localizada em locais chave do mar europeu, abrangendo o Ártico, o Atlântico, o Mediterrâneo e o Mar Negro. A rede de observatórios estará instalada no fim da década.
O EMSO é a componente submarina do COPERNICUS. Uma política de dados abertos compatível com as recomendações do GEOSS permitirá o uso partilhado da infraestrutura e a livre circulação de informação e conhecimento científico.