Recentes avanços na sequenciação do DNA revelaram o papel crucial dos microorganismos nos ecossistemas e suas interações com os hospedeiros, impactando a nutrição, o crescimento e a proteção. Aproveitando esse conhecimento, exploramos o uso de substâncias húmicas (HS) como moduladores microbianos naturais para auxiliar na recuperação de organismos em áreas persistentemente contaminadas com hidrocarbonetos de petróleo. Nosso foco está no berbigão, um bivalve europeu valorizado de grande importância para o sistema socioecológico da Ria de Aveiro. No entanto, a expansão da criação de bivalves enfrenta restrições espaciais próximas a portos e centros de transporte com sedimentos marinhos contaminados. Resultados recentes indicam que a suplementação de HS pode aumentar as bactérias benéficas na aquacultura e mitigar o estresse. As HS, compostos orgânicos naturais, são conhecidas por sua importância ecológica, incluindo a interação com poluentes como os hidrocarbonetos aromáticos policíclicos (PAHs). Nosso estudo visa investigar o potencial das HS para promover a remediação mediada por microorganismos e a resiliência dos organismos, o que poderia revolucionar o uso sustentável de bivalves em ambientes impactados.