O objetivo geral do ECHC centra-se na avaliação de aspectos funcionais da biodiversidade, em diferentes níveis de organização biológica, do subcelular à paisagem, da bacia à costa. O ECHC tem como alvo a investigação fundamental e aplicada sobre: i) conhecimento científico sobre funções e processos; e ii) contribuição para o desenvolvimento e implementação eficaz de políticas ambientais e gestão integrada. A investigação está centrada em: gerar novos conhecimentos sobre a influência da biodiversidade na estrutura do ecossistema, funções (incluindo adaptações) e serviços, dentro do contexto de mudanças globais; avaliar os impactos das perturbações ambientais (ocorrendo naturalmente ou causadas por atividades antropogênicas), em diferentes níveis de organização biológica, no ecossistema aquático e terrestre; Compreendendo os impactos e a mitigação das atividades humanas em cetáceos, aves marinhas e tartarugas marinhas, principalmente em Portugal continental e nas aves marinhas (ou pernaltas) em toda a Flyway do Atlântico Leste. O ECHC visa desenvolver ainda dentro dos principais objetivos indicados anteriormente: i) a conservação de espécies marinhas protegidas em Portugal continental; desenvolver abordagens multidisciplinares abrangentes e integradas para avaliar os impactos dos stressores ambientais nos recursos biológicos, função do ecossistema e serviços ecológicos; Otimizar estratégias para a remediação de áreas impactadas. ii) Implementar planos de gerenciamento para sites Natura 2000 para cetáceos; contribuir para uma implementação precisa das políticas ambientais da UE (por exemplo, alcance); Promover um gerenciamento seguro e sustentável de produtos biológicos valiosos.