Durante os últimos 10 anos, os microarrays de DNA tornaram-se imprescindíveis na análise da expressão genética global, genotipagem e diagnóstico molecular. Desenvolvimentos mais recentes expandiram esta tecnologia à imuno-precipitação de cromatina num chip (CHIP-on-chip), hibridação comparativa de genomas, re-sequenciação de DNA, microarrays de proteínas, estudo de splicing alternativo, interacções de RNA e proteína, microRNAs e estudos epigenéticos. Tal, está a promover o desenvolvimento de novas áreas de investigação em Biologia e Biomedicina, nomeadamente Genómica Comparativa, Genómica Funcional e Biologia de Sistemas e novos métodos de diagnóstico molecular. Infelizmente, Portugal não tem acompanhado estes desenvolvimentos, estando-se a criar um fosso de conhecimento entre os investigadores Portugueses e os seus pares internacionais. Nos últimos 24 meses, foi criado um laboratório nacional de microarrays de DNA (NFDM) na Universiade de Aveiro, através de financiamentos desta Universidade (200 mil Euros) e da FCT (335 mil Euros-Projecto de re-equipamento). Este laboratório está equipado com instrumentação de manuseamento de líquidos (Sciclone ALH 3000, Caliper Lifesciences), impressão de microarrays (MicroGrid Compact (BioRobotics), leitura de microarrays (Agilent Microarray Scanner), controlo de qualidade de RNA (Agilent Bioanalyzer 2100), hibridação de microarrays (Agilent Hybridization oven and Chambers), quantificação de RNA (Real-Time PCR 7500 from Applied Biosystems) e software de análise de microarrays (GeneSpring, Agilent). Neste laboratório trabalham 2 investigadores de pós-doutoramento que receberam treino especializado em microarrays de DNA no estrangeiro, nomeadamente no laboratório de Microarrays de DNA em Utrecht (Medical School) e no laboratório de referência da Agilent na Europa (Paris). Tal, permitiu implementar protocolos de fabrico e análise de Microarrays de DNA, sendo já possível fabricar microarrays de alta qualidade em Aveiro. Para além disto, foi criado um grupo de Bioinformática que integra 2 Matemáticos, 3 Engenheiros Informáticos, 2 Biólogos e 2 Bioquímicos para desenvolver ferramentas de análise e armazenamento de dados de microarrays de DNA. Este esforço resultou na construção de um sofisticado sistema Bioinformático para gestão de protocolos e dados de microarrays (MIND: Microarray Information Database), cuja arquitectura obedece às normas internacionais para gestão de dados de microarrays, nomeadamente às normas do consórcio MGED e às guidelines MIAMI. O MIND permite transferência directa de dados de Microarrays para repositórios internacionais, como o ArrayExpress do European Bioinformatics Institute, estando já online, em regime de acesso livre, para a comunidade científica Portuguesa (http://bioinformatics.ua.pt/mind). Este sistema bioinformático suportará toda a actividade de investigação do laboratório Nacional de Microarrays de DNA. O financiamento obtido para criação da NFDM não contemplou, contudo, verbas para consumíveis, manutenção de equipamento e pequenos instrumentos, sendo, necessário obter novos financiamentos para suportar tais despesas. No sentido de resolver este problema e garantir que o investimento de 0.5 milhões de euros já realizado servirá com sucesso a comunidade científica Portuguesa, reunimos investigadores nacionais de várias instituições, interessados na tecnologia de Microarrays de DNA, numa Rede Nacional de Genómica Funcional (Figure 1). Este consórcio de 16 laboratórios tem como objectivo criar condições para fabricar, hibridar, analisar microarrays de DNA e treinar jovens investigadores nesta importante tecnologia. Considerando que esta tecnologia é complexa, muito dispendiosa, altamente interdisciplinar e requer longas horas de treino para extrair informação de qualidade das experiências biológicas, pretende-se, na fase inicial, fabricar microarrays de DNA para 2 organismos modelo, nomeadamente as leveduras S. cerevisiae e C. albicans. Microarrays para organismos modelo mais complexos, nomeadamente Drosophila, ratinho, peixe zebra e células humanas, serão adquiridos à Agilent Technologies através de um contrato de fornecimento de microarrays a custo reduzido. Para além disto, pretendemos fabricar chips de MicroRNAs humanos, ratinho, Drosofila e peixe zebra. O IP é um “EMBO Young Investigator”, e por esta razão, tem acesso ao laboratório de microarrays de DNA do EMBL de Heidelberg, tendo já estabelecido contactos internacionais para treinar os membros da sua equipa nos vários processos envolvidos no fabrico de “microarrays” de DNA.
