O projeto visou responder às exigências da Directiva Quadro da Água e foi coordenado pelo INAG, Instituto da Água, I.P.. Teve como objetivo principal o desenvolvimento cientifico da avaliação do estado/potencial ecológico de todas as massas de água costeiras e de transição de Portugal Continental, incluindo pois a Ria de Aveiro, com base nos elementos biológicos (fitoplâncton, outras plantas aquáticas (macroalgas e angiospérmicas), macroinvertebrados bentónicos e peixes) e nas condições fisico-quimicas requeridas pela directiva Quadro da Água relacionando-o com as actividades sócio-económicas existentes. O projecto visou também estabelecer metodologias que relacionem o estado ecológico das massas de água de transição com o estado ecológico das massas de água costeiras recetoras. Os membros do CESAM participaram no estudo da componente de fitoplancton e sobretudo na dos macroinvertebrados bentónicos.
