O projecto HERMES foi planeado para adquirir um conhecimento profundo da biodiversidade, estrutura e funcionamento dos ecossistemas da margem continental Europeia. Este projecto é a primeira grande iniciativa Europeia que utiliza uma abordagem integradora e reúne a experiência e perícia de investigação nos domínios da biodiversidade, geologia, sedimentologia, oceanografia física, microbiologia e biogeoquímica para que a relação entre a biodiversidade e o funcionamento dos ecossistemas marinhos profundos possa ser globalmente compreendida. As áreas de estudo, que se estendem desde o Árctico ao Mar Negro, incluem os taludes continentais e os focos de biodiversidade como fontes de fluidos frios ricos em hidrocarbonetos, recifes de coral profundo, desfiladeiros submarinos e ambientes anóxicos, onde os factores geológicos e a circulação oceânica têm uma influência determinante no desenvolvimento dos ecossistemas. A urgência da investigação sobre estes importantes ecossistemas é facilmente justificada por uma possível fragilidade biológica, recursos genéticos únicos e relevância global para o ciclo do Carbono, mas também pela susceptibilidade a alterações globais e perturbações antropogénicas. As alterações climáticas históricas, incluindo eventos catastróficos, serão estudadas através de arquivos sedimentares. Serão estimadas as taxas de emissão de metano dos sedimentos e quantificadas a parcela utilizada pelas comunidades bentónicas e a parcela residual que poderá libertar-se na atmosfera contribuindo para o efeito de estufa. Os resultados esperados do projecto serão integrados na primeira estrutura pan-Europeia de um Sistema de Informação Geográfica abrangente, com uma base de dados interdisciplinar sobre a margem continental e que será uma ferramenta essencial para a previsão de alterações na biodiversidade em relação com as flutuações ambientais naturais e antropogénicas. Estes resultados, com uma relevância estrutural na integração da ciência, modelação ambiental e indicadores socio-económicos, constituirão uma base fundamental para o desenvolvimento da Política Europeia Integrada de Governança dos Oceanos uma vez que permitirão a identificação das opções de avaliação de risco e de gestão, conservação e reabilitação dos ecossistemas marinhos.