Apesar da importância das águas subterrâneas, conhecida como o maior reservatório de água doce do mundo, torna-se cada vez mais óbvio que este compartimento deve também ser visto como um importante ecossistema aquático. Embora as actuais directivas, como a Directiva Quadro da Água (DQA), enfatizem a necessidade de alcançar um bom estado físico e químico das águas subterrâneas, a sua biodiversidade ainda é negligenciada.
O domínio subterrâneo das áreas cársicas é um dos territórios mais desconhecidos do património nacional, e também um fantástico ecossistema repleto de seres vivos endémicos. Esforços consideráveis entre os cientistas na segunda metade do século XX revelaram uma inesperada e surpreendente diversidade biológica, descrevendo milhares de espécies nestes habitats. Os aquíferos suportam comunidades de bactérias e biofilmes associados, bem como fauna especialmente adaptada às condições subterrâneas, denominada estigofauna. Deste modo, a avaliação completa da condição de um aquífero deve incluir, não só a tradicional amostragem de variáveis físicas e químicas, mas também deve considerar a biota. As áreas cársicas ocupam uma grande área no território Português, nas quais são conhecidas mais de 3000 cavernas. No entanto, o conhecimento sobre a biodiversidade nas águas subterrâneas em Portugal está quase inexplorado. Os aquíferos cársicos, dada a natureza litológica que os compõem, estão particularmente expostos a impactos de diversos tipos de contaminantes por de fontes pontuais e difusas de poluição, incluindo a agricultura, pecuária, indústrias, efluentes de esgoto, etc. Desta forma, a sensibilidade ecológica das zonas cársicas, aliada a um reduzido conhecimento científico, conduzirá à degradação irreversível destes ecossistemas específicos.
Assim, o principal desafio do KARSTRISK é avaliar o impacto das actividades humanas sobre os ecossistemas das águas subterrâneas, como ponto de partida para gerar informações úteis para a sua protecção. Este projecto irá fornecer dados importantes sobre a biodiversidade das águas subterrâneas e sobre os impactos antropogénicos nos habitats das águas subterrâneas do maior aquífero cársico da Península Ibérica – o maciço calcário Estremenho. Considerando que a estigofauna pode ser mais sensível a poluentes químicos do que a fauna aquática de superfície, os critérios de qualidade das águas subterrâneas estabelecidos com base nas respostas dos organismos de águas superficiais poderão ser insuficientes para proteger os sistemas de águas subterrâneas. Assim, este projecto irá também fornecer importante informação ecotoxicológica sobre a sensibilidade das espécies que habitam as águas subterrâneas quando expostas a diversos poluentes antropogénicos, contribuindo assim para estimar os impactos da poluição sobre estes particulares ecossistemas.