É necessário definir áreas de conservação para espécies de cetáceos e aves marinhas dentro da ZEE de Portugal. Dados científicos sublinham a importância da plataforma continental Portuguesa como uma zona oceanográfica que interliga as áreas do Atlântico Norte, Mediterrâneo e áreas subtropicais.
Para algumas espécies de cetáceos (boto, roaz, golfinho-comum) e de aves marinhas (ganso-patola, arau, pardelas) a competição directa com o sector da Pesca por peixes comerciais em águas costeiras é uma realidade. Assim, para uma correcta gestão e conservação a longo prazo de cetáceos e aves marinhas é necessário juntar esforços com o sector pesqueiro para a aplicação de medidas de mitigação de capturas acidentais nas artes de pesca, e para a definição de sítios marinhos da Rede Natura 2000.
O projecto MARPRO é co-financiado pelo programa LIFE e resulta de uma parceria entre a Universidade de Aveiro, Universidade do Minho, SPEA, IPIMAR e ICNB.